Phyto Spy

Myrtille commune
Calluna vulgaris	Callune
Carex pilulifera	Laîche à pilules
Deschampsia flexuosa	Canche flexueuse
Dicranum scoparium	Dicrane en balais
Galium saxatile	Gaillet des rochers
Leucobryum glaucum	Leucobryum glauque
Luzula multiflora	Luzule multiflore
Vaccinium myrtillus	Myrtille
Molinie
Blechnum spicant	Blechne en épi
Luzula sylvatica	Luzule des bois
Molinia caerulea	Molinie bleue
Oreopteris limbosperma	Oréoptéris à sores en marge
Trientalis europaea	Trientale d'Europe
Sphaignes
Erica tetralix	Bruyère à quatre angles
Osmunda regalis	Osmonde royale
Polytrichum commune	Polytric commun
Salix aurita	Saule à oreillettes
Scutellaria minor	Petite scutellaire
Sphagnum sp.	Sphaignes
Vaccinium uliginosum	Airelle des marais
Viola palustris	Violette des marais
Germandrée scorodoine
Agrostis capillaris	Agrostide capillaire
Anthoxanthum odoratum	Flouve odorante
Calamagrostis arundinacea	Calamagrostide faux roseau
Frangula alnus	Bourdaine
Hieracium lachenalii	Epervière vulgaire
Hieracium laevigatum	Epervière lisse
Hieracium sabaudum	Epervière de Savoie
Hieracium umbellatum	Epervière en ombrelle
Holcus mollis	Houlque molle
Hypericum humifusum	Millepertuis couché
Hypericum pulchrum	Millepertuis élégant
Ilex aquifolium	Houx
Lathyrus linifolius var.montanus	Gesse des montagnes
Luzula luzuloïdes	Luzule blanchâtre
Maianthemum bifolium	Maianthème à deux feuilles
Mespilus germanica	Néflier
Polytrichum formosum	Polytric élégant
Polygonatum verticillatum	Sceau de Salomon verticillé
Pteridium aquilinum	Fougère aigle
Teucrium scorodonia	Germandrée scorodoine
Epilobe en épis
Cytisus scoparius	Genêt à balais
Digitalis purpurea	Digitale pourpre
Epilobium angustifolium	Epilobe en épi
Sambucus racemosa	Sureau à grappes
Senecio nemorensis	Séneçon de Fuchs
Senecio sylvaticus	Sénéçon des bois
Dryoptéris
Betula pubescens	Bouleau pubescent
Carex pallescens	Laîche pâle
Dryopteris carthusiana	Dryoptéris de Chartreuse
Dryopteris dilatata	Polystic dilaté
Cirse des marais
Agrostis canina	Agrostide des chiens
Carex laevigata	Laîche lisse
Cirsium palustre	Cirse des marais
Epilobium palustre	L'épilobe des marais
Equisetum sylvaticum	Prêle des bois
Galium palustre	Gaillet des marais
Galium uliginosum	Gaillet des fanges
Lotus uliginosus	Lotier des marais
Scirpus sylvaticus	Scirpe des bois
Valeriana dioica	Valériane dioique
Violette de Rivin
Luzula pilosa	Luzule poilue
Poa chaixii	Pâturin de Chaix
Potentilla sterilis	Potentille stérile
Stellaria holostea	Stellaire holostée
Viola riviniana	Violette de Rivin
Anémone sylvie
Acer pseudoplatanus	Erable sycomore
Anemone nemorosa	Anémone des bois
Atrichum undulatum	Atrichie ondulé
Carpinus betulus	Charme
Corylus avellana	Noisetier
Dryopteris filix-mas	Fougère mâle
Epilobium montanum	Epilobe des montagnes
Milium effusum	Millet diffus
Phyteuma nigrum	Raiponce noire
Poa nemoralis	Pâturin des bois
Polygonatum multiflorum	Sceau de Salomon multiflore
Scrophularia nodosa	Scrofulaire noueuse
Vinca minor	Petite pervenche
Fétuque des bois
Festuca altissima	Fétuque des bois
Fougère femelle
Athyrium filix-femina	Fougère femelle
Carex remota	Laîche à épis espacés
Deschampsia cespitosa	Canche cespiteuse
Glyceria declinata	Glycérie dentée
Juncus conglomeratus	Jonc aggloméré
Juncus effusus	Jonc épars
Lysimachia nemorum	Lysimaque des bois
Oxalis acetosella	Oxalide petite oseille*
Polygonum hydropiper	Renouée poivre d'eau
Ranunculus flammula	Renoncule flamette
Succisa pratensis	Succise des prés
Reine-des-prés
Agrostis stolonifera	Agrostide stolonifère
Alnus glutinosa	Aulne glutineux
Angelica sylvestris	Angélique des bois
Elymus caninus	Chiendent des chiens
Filipendula ulmaria	Reine des prés
Ranunculus repens	Renoncule rampante
Valeriana repens	Valériane officinale rampante
Alisier Torminal
Anthericum liliago	Phalangère à fleur de lis
Campanula persicifolia	Campanule à feuilles de pêcher
Silene nutans	Silène penché
Sorbus aria	Alisier blanc
Sorbus torminalis	Alisier torminal
Lamier jaune
Brachypodium sylvaticum	Brachypode des bois
Carex sylvatica	Laîche des bois
Dactylis glomerata	Dactyle aggloméré
Epipactis helleborine	Epipactis à feuilles larges
Euphorbia amygdaloides	Euphorbe des bois
Fragaria vesca	Fraisier des bois
Hyacinthoides non-scripta	Jacinthe des bois
Lamiastrum galeobdolon	Lamier jaune
Lapsana communis	Lampsane commune
Prunus avium	Merisier
Veronica chamaedrys	Véronique petit chêne
Vicia sepium	Vesce des haies
Viola reichenbachiana	Violette de Reichenbach
Polystic à aiguillons
Cardamine impatiens	Cardamine impatiente
Cystopteris fragilis	Cystoptéride fragile
Gymnocarpium dryopteris	Polypode du Chêne
Polystichum aculeatum	Polystic à aiguillons
Ranunculus platanifolius	Renoncule à feuille de platane
Ulmus glabra	Orme de montagne
Benoîte commune
Galeopsis tetrahit	Galéopsis tétrahit
Geranium robertianum	Géranium herbe à Robert
Geum urbanum	Benoite commune
Moehringia trinervia	Moehringie à 3 nervures
Myosotis sylvatica	Myosotis des forêts
Sambucus nigra	Sureau noir
Silene dioïca	Silène dioique
Circée de Paris
Ajuga reptans	Bugle rampante
Cardamine pratensis	Cardamine des prés
Circaea lutetiana	Circée de Paris
Colchicum autumnale	Colchique d'automne
Poa trivialis	Pâturin commun
Ribes rubrum	Groseiller rouge
Stachys sylvatica	Epiaire des bois
Veronica montana	Véronique des montagnes
Stellaire des bois
Aconitum lycoctonum subsp.vulparia	Aconit tue-loup
Chrysosplenium alternifolium	Dorine à feuilles alternées
Festuca gigantea	Fétuque géante
Impatiens noli-tangere	Impatiente n' y touchez pas
Petasites hybridus	Pétasite hybride
Polygonum bistorta	Renouée bistorte
Salix alba	Saule blanc
Stellaria nemorum	Stellaire des bois
Populage des marais
Caltha palustris	Populage des marais
Carex elongata	Laîche allongée
Crepis paludosa	Crépide des marais
Iris pseudacorus	Iris faux acore
Lycopus europaeus	Lycope d'Europe
Lysimachia vulgaris	Lysimaque commune
Phalaris arundinacea	Baldingère
Scutellaria galericulata	Scutellaire casquée
Stachys palustris	Epiaire des marais
Dorine à feuilles opposées
Cardamine amara	Cardamine amère
Cardamine flexuosa	Cardamine flexueuse
Chrysosplenium oppositifolium	Dorine à feuilles opposées
Glyceria fluitans	Glycérie flottante
Myosotis scorpioides	Myosotis faux scorpion
Stellaria alsine	Stellaire des fanges
Aspérule odorante
Acer campestre	Erable champêtre
Acer platanoides	Erable plane
Campanula trachelium	Campanule gantelée
Cornus sanguinea	Cornouiller sanguin
Crataegus laevigata	Aubépine épineuse
Daphne mezereum	Bois joli
Euonymus europaeus	Fusain d'Europe
Galium odoratum	Aspérule odorante
Galium sylvaticum	Gaillet des bois
Hypericum hirsutum	Millepertuis velu
Melica uniflora	Mélique uniflore
Mycelis muralis	Mycélis des murs
Neottia nidus-avis	Néottie nid d'oiseau
Phyteuma spicatum	Raiponce en épi
Ribes uva-crispa	Groseillier a maquereau
Rosa arvensis	Rosier des champs
Rosa canina	Rosier des chiens
Sanicula europaea	Sanicle d'Europe
Scilla bifolia	Scille à deux feuilles
Ulmus minor	Orme champetre
Valeriana officinalis	Valériane officinale des collines
Gouet tacheté
Arum maculatum	Gouet tacheté
Listera ovata	Listère ovale
Ornithogalum pyrenaicum	Ornithogale des Pyrénées
Paris quadrifolia	Parisette
Ranunculus auricomus	Renoncule à tête d'or
Ortie dioïque
Aegopodium podagraria	Egopode podagraire
Alliaria petiolata	Alliaire
Anthriscus sylvestris	Cerfeuil sauvage
Arctium nemorosum	Bardane des bois
Chaerophyllum temulum	Cerfeuil penché
Galium aparine	Gaillet gratteron
Glechoma hederacea	Lierre terrestre
Heracleum sphondylium	Berce sphondyle
Symphytum officinale	Consoude officinale
Urtica dioica	Ortie dioïque
Veronica hederifolia	Véronique à feuilles de lierre
Ficaire
Adoxa moschatellina	Adoxe musquée
Fraxinus excelsior	Frêne commun
Primula elatior	Primevère élevée
Pulmonaria obscura	Pulmonaire à fleurs sombres
Ranunculus ficaria	Ficaire fausse-renoncule
Laîche des marais
Calystegia sepium	Liseron des haies
Carex acuta	Laîche aiguë
Carex acutiformis	Laîche des marais
Carex paniculata	Laîche paniculée
Carex riparia	Laîche des rives
Lythrum salicaria	Lythrum salicaire
Ribes nigrum	Cassis
Solanum dulcamara	Morelle douce-amère
Hellébore fétide
Buxus sempervirens	Buis
Carex humilis	Laîche humble
Cornus mas	Cornouiller mâle
Daphne laureola	Daphné lauréole
Helleborus foetidus	Hellébore fétide
Ligustrum vulgare	Troène
Polygonatum odoratum	Sceau de Salomon odorant
Quercus pubescens	Chêne pubescent
Rhamnus cathartica	Nerprun purgatif
Rosa pimpinellifolia	Rosier pimprenelle
Sesleria albicans	Seslérie blanchâtre
Viburnum lantana	Viorne lantane
Vincetoxicum hirundinaria	Dompte-venin officinal
Viola hirta	Violette hérissée
Laîche digitée
Aquilegia vulgaris	Ancolie vulgaire
Atropa bella-donna	Belladone
Berberis vulgaris	Epine-vinette
Carex digitata	Laîche digitée
Carex montana	Laîche des montagnes
Cephalanthera sp.	Céphalanthères
Clematis vitalba	Clématite vigne blanche
Digitalis lutea	Digitale jaune
Lonicera xylosteum	Camerisier à balais
Melica nutans	Mélique penchée
Mercurialis perennis	Mercuriale pérenne
Orchis mascula	Orchis mâle
Origanum vulgare	Origan
Primula veris	Primevère officinale
Pulmonaria montana	Pulmonnaire des montagnes
Ribes alpinum	Groseillier des Alpes
Rubus saxatilis	Ronce des rochers
Tilia platyphyllos	Tilleul à grandes f.
Langue de cerf
Actaea spicata	Actée en épi
Asplenium scolopendrium	Scolopendre
Cardamine bulbifera	Cardamine bulbifère
Lunaria rediviva	Lunaire vivace
Ail des ours
Allium ursinum	Ail des ours
Anemone ranunculoides	Anémone fausse renoncule
Corydalis solida	Corydale à tubercule plein
Gagea lutea	Gagée jaune
Helleborus viridis	Hellébore vert
Lathraea squamaria	Lathrée écailleuse
Cardère Velue
Dipsacus pilosus	Cardère velue
Humulus lupulus	Houblon
Rubus caesius	Ronce bleuâtre
Ulmus laevis	Orme lisse
Cirse maraîcher
Cirsium oleraceum	Cirse maraîcher
Epilobium hirsutum	Epilobe hérissé
Eupatorium cannabinum	Eupatoire chanvrine
Scrophularia umbrosa	Scrofulaire ailée
Grande Prêle
Equisetum telmateia	Prêle géante

PhytoSpy est un outil de diagnostic des stations forestières qui permet la prédiction des niveaux trophique et hydrique, tels que définis dans le Fichier Écologique des Essences, depuis un relevé floristique.

La démarche est basée sur les groupes écologiques. La flore indicatrice de Belgique est regroupée en 32 groupes écologiques qui sont indicateurs des conditions environnementales. Ces conditions stationnelles sont résumées sous la forme d'un écogramme, présenté à gauche. L'ensemble des plantes indicatrices du relevé permet de déterminer, de manière plus ou moins satisfaisante, les niveaux trophique et hydrique de la station forestière.

Les groupes écologiques

En 1969, Thange jette, pour le Sud de la Belgique, les fondements des groupes écologiques. Ces derniers sont définis comme un ensemble de plantes forestières qui partagent la même niche écologique. Ces groupes écologiques sont depuis couramment utilisés dans le sud de la Belgique pour la description des stations forestières.

Les groupes écologiques sont définis par Duvigneaud (1974) comme un ensemble d'espèces ayant entre elles une affinité sociologique plus ou moins grande, marquée par une tendance à se rassembler dans un biotope déterminé, c'est-à-dire dans des conditions de milieu déterminées.
Les groupes écologiques de Belgique ont été révisés en 2020 préalablement à l'édition d'un guide illustré. C'est cette version très récente des groupes écologiques qui est présenté dans cette application web. Pour plus d'information, nous vous recommandons le nouveau catalogue des groupes écologiques;

Claessens, H., Prévot, C. et Lisein J., (2021). Guide d’interprétation de la flore indicatrice en forêt. 376 pages. Éditions Forêt.Nature.

L'onglet "Groupe écologique"

Cet onglet présente la liste des groupes et des espèces qui les constituent. Le catalogue des groupes écologiques, situé à droite, regroupe les différents groupes en fonction de leur caractère indicateur du niveau trophique. Ce catalogue permet d'effectuer des filtres sur les groupes, afin de n'afficher que certains de ceux-ci.
Les espèces présentes dans le relevé sont affichées avec un fond grisé.
Dans cet onglet, un clic sur le nom en latin d'une espèce aura pour effet d'ajouter cette espèce au relevé floristique.
Pour obtenir un descriptif du groupe écologique, un double-clic sur le nom du groupe permet l'ouverture d'une fenêtre contenant des informations supplémentaires. Par ailleurs, la niche écologique du groupe s'affiche dans l'écogramme suite à l'action de cliquer sur le nom du groupe.

L'écogramme

L'écogramme est le concept au centre de la méthode du Fichier Écologique des Essences. Tantôt utilisé pour la définition des aptitudes des essences forestières, tantôt pour illustrer la distribution des espèces indicatrices, cette matrice hydro-trophique mérite que l'on s'attarde à sa description. D'autant plus qu'il existe de nombreux écogrammes différents, principalement utilisés en botanique et en écologie. Mais le maître mot est toujours le suivant ; représenter graphiquement les différentes conditions écologiques qui règnent sur un territoire. Hors, ces conditions stationnelles s'articulent autour de trois gradients majeurs ; le climat, le gradient hydrique et le gradient trophique. En amenant l'hypothèse que les informations climatiques disponibles en Belgique permettent une description complète de la totalité du territoire wallon, pour lequel dix zones bioclimatiques sont définies, les deux gradients susceptibles de changer localement sont la disponibilité en eau (et en oxygène dans une certaine mesure) et la disponibilité en élément minéraux.

L'écogramme qui est présenté à gauche ne comprend pas de légende. Mais, en passant le curseur de sa souris sur un disque représentant un niveau hydro-trophique, une info-bulle renseigne le libellé adéquat.

info-bulle de l'écogramme — De nombreuses informations s'affichent lorsque le curseur de la souris pointe l'écogramme.

Lecture du diagnostic floristique sur l'écogramme

Pour autant que le relevé floristique contienne des plantes indicatrices, une prédiction automatique des niveaux hydriques et trophiques est effectuée. Les niveaux hydriques et trophiques sont prédits de manière individuelle ; PhytoSpy utilise donc deux modèles différents. Les résultats de prédiction sont dessinés en haut pour le gradient trophique et à droite pour le gradient hydrique, et ce, sous forme de bâtonnets dont la taille et la couleur varient proportionnellement avec la valeur du pourcentage de prédiction. En effet, l'algorithme de classification utilisé est une Random Forest : cet algorithme attribue à chaque niveau une probabilité sous forme de pourcentage. Le niveau qui se voit attribuer le pourcentage le plus élevé est le niveau qui est choisi par l'algorithme de classification. Le bâtonnet de ce niveau est entouré de la couleur jaune.

Pour obtenir une prédiction qui soit valable, il faut un nombre minimal d'espèces indicatrices.
Le pouvoir prédicteur de la flore indicatrice du niveau trophique est élevé : la détermination floristique de la disponibilité en éléments minéraux s'effectue de manière relativement précise. A contrario, le caractère indicateur du niveau hydrique est moins marqué. C'est pourquoi le diagnostic floristique se contente de prédire un groupe de niveau hydrique. Ainsi, un regroupement des sols secs (niveaux +3, +4 et +5), des sols mésiques (niveaux +1 et +2), des sols frais (niveaux 0 et -1) et des sols humides ou marécageux (niveaux -2, -3 et -4) est effectué. Les sols à régime hydrique alternatif, caractéristique d'une période d'engorgement hivernal et d'une période de sécheresse durant la période de végétation, ne font pas l'objet d'une détermination floristique automatisée. L'expert doit, dans ces cas de figure, effectuer sa propre détermination sur base du relevé phytosociologique et en prenant en compte les caractéristiques topographiques et pédologiques de la station.

regroupement de niveaux hydriques — Le diagnostic hydrique par la flore n'est pas suffisamment précis pour distinguer les niveaux hydriques individuellement: c'est pourquoi un regroupement des niveaux hydriques est effectué.

Affichage du diagnostic automatique — Le diagnostic stationnel basé sur un relevé floristique est affiché en haut de l'écogramme pour le niveau trophique (en vert), à droite pour le niveau hydrique (bleu) sous forme de bâtonnet dont la longueur est proportionnelle à une probabilité. Les combinaisons "niveau hydrique-niveau trophique" les plus probables sont affichées **en jaune** sur l'écogramme. Mais il est nécessaire d'observer les pourcentages de prédiction pour chacun des niveaux pour s'assurer de la qualité de la prédiction par classification automatique.

Copyright

Ce site internet est développé par Jonathan Lisein, Adeline Fayolle, Andyne Legrain et Hugues Claessens de l'Université de Liège - Gembloux Agro-Bio Tech - Gestion des Ressources Forestières. Contact : liseinjon@hotmail.com

De nombreux outils en open source ont été utilisés pour le site et pour l'entraînement des modèles de prédictions des niveaux hydriques et trophiques. Parmi ceux-ci, citons en particulier la librairie Wt en c++ pour le développement du site et l'application Ranger pour l'entraînement de l'algorithme de classification et la prédiction des niveaux hydrique et trophique.

Documents de référence

Lisein, Jonathan, Adeline Fayolle, Andyne Legrain, Céline Prévot, et Hugues Claessens. « Prediction of forest nutrient and moisture regimes from understory vegetation with random forest classification models ». Ecological Indicators 144 (2022): 109446. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2022.109446.

Nous renvoyons sur le site du Fichier Écologique des Essences les utilisateurs désireux d'en connaitre d'avantage sur la version du 21^eme siècle du Fichier Écologique des Essences (Belgique).

Claessens, H., Prévot, C. et Lisein J., 2021. Guide d’interprétation de la flore indicatrice en forêt. 376 pages. Éditions Forêt.Nature.

Claessens, H., 2003. Observer la végétation pour choisir une essence adaptée au milieu. Note Technique Forestière de Gembloux, n 9, 16 pages.

Petit, S., Claessens, H., Vincke, C., Ponette, Q., Marchal, D., 2017. Le Fichier Écologique des Essences, version 2.0. Forêt.Nature (143), 12–19.

Tanghe, M., 1969. Groupes écologiques, associations stationnelles et associations régionales des forêt du sud-est de la Belgique. PhD thesis, ULB, Bruxelles.

Dulière, J., Tanghe, M., Malaisse, F., 1995. Répertoire des groupes écologiques du Fichier Écologique des Essences. Tech. rep., Ministère de la Région Wallonne, Namur.

Duvigneaud, P., 1974. La synthèse écologique : populations, communautés, écosystèmes, biosphère, noosphere, Doin Édition. Paris.